Milja Vujačić je diplomirala i magistrirala na Filozofskom fakultetu u Beogradu na grupi za pedagogiju. Doktorirala je na temu „Mogućnosti i ograničenja inkluzije dece sa teškoćama u razvoju u redovne osnovne škole“ na  Filozofskom fakultetu u Novom Sadu. U periodu od 1999-2005 godine radila je u Predškolskoj ustanovi „Ljubica Popović“ u Podgorici kao stručni saradnik,  u nevladinoj organizaciji Pedagoški centar Crne Gore i na Filozofskom fakultetu u Nikšiću. Od 2005. godine zaposlena je na Institutu za pedagoška istraživanja. Trenutno je u zvanju naučni saradnik. Autor je i realizator radionice „Komunikacijske veštine nastavnika“ u okviru akreditovanog seminara Instituta za pedagoška istraživanja „Nastavnik kao kreator klime u odeljenju“. Učestvovala je u dva ciklusa istraživanja TIMSS 2007 i TIMSS 2011 u Srbiji. U periodu od juna 2010 do juna 2011 godine bila je rukovodilac projekta „Predstave o obrazovnim promenama u Srbiji: refleksije o prošlosti, vizije budućnosti. Učestvovala je u realizaciji projekata u oblasti inkluzivnog obrazovanja „Škola po meri deteta“ i „Karika koja nedostaje“. Trenutno je uključena u realizaciju projekta ,,Unapređivanje obrazovne efektivnosti osnovnih škola“ (IEEPS), koji se realizuje u okviru potprograma „Komenijus“ evropskog Programa za celoživotno učenje